Nastavení každého nástroje je možné upřesnit ve spodní části panelu nástrojů. Oblíbené nástroje a jejich pořadí je možné upravit v Windows, Dockable dialogs, Nástroje.
Výběrové nástroje
Pomocí výběrových nástrojů je možné zkopírovat část obrázku nebo omezit oblast úprav.
- Výběr obdelníku
- Ctrl při vytváření výběru – střed výběru
- Shift při vytváření výběru – čtverec
- Shift před vytváření výběru – rozšíření výběru
- volba Zvýraznění ztmaví okolí výběru pro snadnější orientaci
- Výběr eliptických oblastí
- podobné funkce jako výběr obdelníku
- Volný výběr (laso) – vhodné pro tablet nebo pevnou ruku
- pro uzavření výběru spojte začátek a konec (2klik propojí začátek a konec úsečkou)
- Přibližný výběr (kouzelná hůlka): výběr spojitých oblatí podle barvy (podobnost barev určuje práh)
- nastavte raději menší práh a postupně přidávejte další výběr se stisknutou klávesou Shift
- práh je možné upravovat pohybem myši před puštěním levého tlačítka myši
- volba sloučený vzorek rozšiřuje působnost nástroje na všechny viditelné vrstvy
- rozbalovací seznam vybrat podle umožňuje nastavit podle čeho se bude výběr provádět
- Výběr dle barvy: výběr oblastí s podobnou barvou v celém obrázku
- stejné nastavení jako přibližný výběr
- Výběr nůžkami: výběr tvarů pomocí inteligentího hledání hran
- vhodné pro výrazné hrany s barevným kontrastem
- začátek a konec spojit
- pro upřesnění výběru je možné na křivku přidat dodatečné body
- ukončení editace výběru: Enter nebo kliknutí do středu výběru
- výběr je možné dočistit pomocí rychlé masky nebo kanálu
- Výběr popředí: výběr oblasti obsahující objekty v popředí
- vhodné při velkém kontrastu a barevným rozdílem mezi popředím a pozadím
- postup výběru:
- obtáhněte nahrubo požadovaný objekt
- nastavte velikost štětce a barevnou citlivost
- uvnitř objektu, který chcete zachovat, označte štětcem nejlépe všechny zastoupené barvy (Ctrl přepíná mezi výběrem popředí a pozadí)
- Enter
- dočistěte výsledek (rychlá maska, prolnutí okrajů)
- Nástroj cesty: tvorba a úprava cest (Bézierova křivka)
- vytvoření výběru:
- pomocí myši vytvořte hrubý obrys výběru
- výběr uzavřete umístěním posledního bodu na první se stisknutou klávesou Ctrl
- pomocí editačních bodů upřesněte tvar křivky
- editační bod je možnéz bodu kotevního "vytáhnout" myší se současným stiskem klávesy Ctrl
- přidat kotvící bod je možné s klávesou Ctrl
- odstranit editační bod (vytvoření ostrého kotvícího bodu), kotvící bod nebo úsečku je možné s klávesou Ctrl+Shift
- hladký kotvící bod je možné vytvořit úpravou editačního bodu s klávesou Shift
- úprava křivky je možná i uchopením za spojnici kotevních bodů
- přesunout celou křivku je možné s klávesou Alt
- volba Mnohoúhelník zabraňuje vytváření editačních bodů
- klávesou Enter nebo tlačítkem Výběr z cesty převeďte křivku na výběr
- ostré hrany výběru je vhodné prolnout příkazem Vybrat, Zaoblení
- práci s cestami usnadňuje dialogové okno Cesty (náhrada jednoduchého vektorového editoru)
- na jedné vrstvě s cestou může být více křivek
- cesty je možné importovat a exportovat (SVG formát)
Poslední výběr je možné zrušit klávesou ESC.
Libovolný výběr (ne jeho obsah) je možné pro pozdější použití uložit do cesty (vždy ostrá hrana) nebo kanálu (umožňuje zachovat prolnutí okrajů). 
Obsah výběru je možné vyjmout, zkopírovat, vložit a vymazat pomocí nabídky Upravit:
- Kopírovat viditelné – zkopíruje výběr ze všech viditelných vrstev (u základních úprav Ctrl+R, Ctrl+C, Ctrl+V a Delete se pracuje pouze s aktivní vrstvou)
- Vložit jako:
- Nový obrázek
- Nová vrstva
- Nová stopa
- Nový vzorek
- Buffer (vylepšená schránka) umožňuje do uzavření editoru na jednom místě uchovávat různé části ze všech otevřených obrázků (obdoba historie s možností pojmenování jednotlivých kroků).
Cvičení:
- Pomocí nástroje Přibližný výběr (kouzelná hůlka) vyberte v souboru brachiosaurus dítě v červených kalhotech.
- Pomocí nástroje Výběr nůžkami vyberte v souboru dýně dítě v červených kalhotech.
- Pomocí nástroje Výběr popředí vyberte v souboru trampolína dítě v červených kalhotech.
Úpravy výběrů
Součet výběrů (+):
- pomocí myši vytvořte první výběr
- stiskněte a držte klávesu Shift
- pomocí myši vytvořte druhý výběr
- pusťte klávesu Shift
- opětovné stisknutí klávesy Shift změní funkci součtu na funkci uzamčení proporcí výběru (čtverec, kruh)
Rozdíl výběrů (-):
- pomocí myši vytvořte první výběr
- stiskněte a držte klávesu Ctrl
- pomocí myši vytvořte druhý výběr
- pusťte klávesu Ctrl
- opětovné stisknutí klávesy Ctrl změní funkci rozdílu na funkci centrování výběru
Průnik výběrů (∩) – překrývající se oblasti existujícího a nového výběru:
- pomocí myši vytvořte první výběr
- stiskněte a držte současně klávesy Ctrl a Shift
- pomocí myši vytvořte druhý výběr
- pusťte klávesy Ctrl a Shift
Přesun hranic výběru:
- pomocí myši vytvořte výběr
- stiskněte klávesu Alt
- pomocí myši přesuňte výběr na požadované místo
V desktopovém prostředí KDE je vhodné upravit výchozí nastavení Alt+levé tlačítko myši (Nastavení systému, Chování oken, Činnosti oken).
Přesun obsahu výběru:
- pomocí myši vytvořte výběr
- klávesou Enter ukončete výběr
- stiskněte a držte současně klávesy Ctrl a Alt
- pomocí myši přesuňte obsah výběru na požadované místo
- při přesouvání výběru se vytvoří tzv. "plovoucí výběr" (dočasná vrstva)
- v tomto okamžiku je možné provádět změny pouze v tomto plovoucím výběru
- ukotvěte plovoucí výběr (případně vytvořte vrstvu novou):
- klepnutím myši mimo výběr
- pomocí dialogového okna vrstev
- z panelu nabídek Vrstva, Ukotvit vrstvu
Další operace s výběry jsou dostupné v panelu nabídek:
- Vybrat:
- Vše
- Nic
- Invertovat
- Zaoblení
- Zaostřit – opak prolnutí okrajů výběru
- Zmenšit
- Zvětšit
- Obvod – vytvoří obvod kolem původního výběru o definované šířce (vhodné např. pro vytvoření rámečku)
- Deformovat – vytvoří nepravidelný tvar hranice výběru
- Zaoblený obdélník
- Upravit
- Vymazat
- Vyplnit barvou popředí
- Vyplnit barvou pozadí
- Vyplnit vzorkem
- Vykreslit výběr
- Vykreslit cestu
Rychlá maska
Rychlá maska je dočasný kanál, který usnadňuje rozlišit hranici výběru. K definici výběru je možné použít libovolný kreslící nástroj nebo filtr.
Slouží zejména pro dočištění hrubého výběru:
- černá barva z výběru odebírá
- bílá barva do výběru přidává
- jiná barva než červná nebo bílá umožňuje prolnutí výběru
- klávesa X prohazuje barvy popředí a pozadí
Barvu masky je možné změnit v kontextové nabídce – Nastavit barvu krytí.
Prolnutí okrajů
Poloměr prolnutí okrajů je možné nastavit ve vlastnostech výběrových nástrojů ještě před samotným výběrem nebo z panelu nabídek volbou Vybrat, Zaoblení.
Postup výběru objektu A:
- Vybrat objekt pomocí výběrových nástrojů s již nastaveným prolnutím.
- Dočistit výběr pomocí rychlé masky za pomoci měkkých stop.
Postup výběru objektu B:
- Vybrat objekt pomocí výběrových nástrojů bez nastaveného prolnutí.
- Dočistit výběr pomocí rychlé masky za pomoci ostrých stop.
- Zmenšit výběr o požadovanou hodnotu (např. 5px).
- Prolnout okraje dvojnásobkem změnšené hodnoty v bodě 3 (např. 10 px).
- Výsledkem bude objekt o stejných rozměrech jako původní výběr v bodu 2.
Uvedené postupy je možné i kombinovat.
Kreslící nástroje
- Plechovka – vyplňování barvou nebo vzorkem
- klávesa Ctrl přepíná mezi vyplňováním barvou popředí a barvou pozadí
- klávesa Shift přepíná režim výplně
- Práh určuje rozsah výpně
- vrstvu nebo výběr je možné vyplnit přetažením barvy z palety do obrázku

- Mísení (přechod) – vyplňování barevným přechodem
- je definován počátek, konec, sklon a ostrost
- klávesa Ctrl omezuje sklon v násobcích 15°
- je možné definovat vlastní barevné přechody (dok Přechody)
- Tvar určje způsob jakým bude barevný přechod vykreslen
- Pronikající – přechod je deformován podle tvaru výběru nebo textu

- Opakování
- Pilová vlna – opakování je vždy od začátku
- Trojúhelníková vlna – každý druhý přechod je vykreslen pozpátku
- Adaptivní převzorkování vyhlazuje hrany přechodu (vhodné např. při spirále)
- vhodné pro definici masky průhlednosti nebo vytvoření horizontu krajiny (předdefinované přechody Horizon)
- Tužka – kreslení s tvrdým okrajem (i při výběru hladké stopy)
- Štětec – malování hladkých (měkkých) tahů štětcem
- Guma – mazání štětcem do pozadí nebo průhlednosti
- Opak gumy (Alt) – umožňuje ve vrstvě s alfa kanálem obnovit smazaný obsah

- Rozprašovač – kreslení štětcem s proměnným tlakem
- používá se pro stínování kreseb, retušování fotografií, domalování odlesku očí (lepší výsledek než štětcem) atd.
- Nástroj inkoust – kaligrafické kreslení
- vlastní editor stop
- citlivost na sklon a tlak (tablet)
- tvar je možné upravit tažením za bílý čtvereček

Nastavení
- Režim nástroje – jakým způsobem se má nástroj prolnout s aktivní vrstvou:
- Normální – nástroj překrývá vrstvu dle nastaveného krytí
- Pod kresbou – kreslí pouze do průhledných částí obrázku
- funkční pouze u vrstvy s alfa kanálem
- Vymazání barev – odstraňuje z obrázku nastavenou barvu popředí nebo její odstíny
- funkční pouze u vrstvy s alfa kanálem
- Barva – mění hodnoty odstínu a sytosti u všech barev kromě bílé a černé
- používá se k obarvení části nebo celého obrázku do zvolené barvy (korekce červených očí, změna barvy auta, šatů, laku na nehty atd.)
- další režimy viz vrstvy
- Stopy
- formáty
- VBR – geometrické stopy
- GBR – obrázek
- GIH – animovaná stopa citlivá na směr a rychlost pohybu (pravý spodní roh náhledu stopy je zbarven růžově)
- ABR – stopy z Adobe Photoshop
- první stopou je vždy aktuální obsah schránky
- další nové obrázkové stopy je možné vkládat příkazem Upravit, Vložit jako, Nová stopa
- v dialogovém okně Stopy je možné
- měnit rozestup – vzdálenost mezi jednotlivými otisky stopy
- u stop se symbolem + zobrazovat náhled stopy ve skutečné velikosti (podržením levého tlačítka myši)
- stopy upravovat, kopírovat a vytvářet
- počet hrotů umožňuje vytvářet nové tvary
- poměr stran umožňuje např. z kruhové stopy vytvořit elipsu nebo z n-úhelníku "vločku"
- tvrdost stopy určuje jak splyne nanášený obsah s původním
- vlastní stopy jsou uloženy v adresáři
~/.gimp-x.x/brushes/
- Shift + Ctrl + kolečko myši – změna aktivní stopy
změna funkce klávesové zkratky "změna aktivní stopy" na "změnu velikosti stopy":
- v Upravit, Předvolby, Vstupní zařízení, Vstupní ovladače, Main Mouse Wheel změňte předvolbu:
- Posun nahoru (Shift+Ctrl) na Increase Brush Scale
- Posun dolů (Shift+Ctrl) na Decrease Brush Scale
- vlastní animované stopy
- Škála – změna velikosti stopy
- Brush Dynamics
- Tlak – citlivost na tlak (tablet) umožňuje nastavit, která z vlastností má být v závislosti na tlaku proměnná
- Rychlost (velocity) – velikost stopy se mění se změnou rychlosti kreslení
- Stupeň krytí
- Tvrdost (pouze u štětce)
- Velikost stopy
- Množství Barvy
- Slábnout – postupné snižování krytí o nastavené délce
- Aplikovat chvění – simulace chvění ruky
- Přírůstkově – nanáší barvu postupně ve vrstvách až do úplného krytí (funkční pouze u nastaveného krytí < 100%)
- Použít barvu z přechodu
Při kreslení umožňuje klávesa Shift vytvářet spojnice.
Kombinace kláves Ctrl + Shift omezuje úhly v násobcích 15°.
Klávesa Ctrl dočasně mění libovolný kreslící nástroj na barevnou pipetu. 
Cvičení: Přebarvení části obrázku
- Otevřete libovolný obrázek.
- Nastavte barvu popředí na cílovou barvu.
- Zvolte vhodný kreslící nástroj (např. štětec), nastavte režim na Barva a kreslením změňte barvu u požadované části obrázku (výběrem je možné omezit oblast úprav).
Cvičení – webové tlačítko:
- Vytvořte nový obrázek o velikosti 100x50 px s rozlišením 96 px a bílou barvou pozadí.
- Nastavte barvu popředí #333 a barvu pozadí #ccc (Notace HTML).
- Pomocí nástroje Eliptický výběr s nastaveným prolnutím okraje 2 px vepište do středu obrázku elipsu o rozměrech 96 x 46 px.
- Pomocí nástroje Mísení s nastaveným lineárním přechodem z pozadí do popředí vyplňte výběr přechodem pod úhlem 135° zprava doleva. Přechod začněte a skončete na hranici výběru.
- Zmenšete výběr o 2 px.
- Pomocí nástroje Mísení s nastaveným lineárním přechodem z pozadí do popředí vyplňte výběr přechodem pod úhlem 135° zleva doprava. Přechod začněte a skončete na hranici výběru.
- Zmenšete výběr o 2 px.
- Pomocí nástroje Mísení s nastaveným lineárním přechodem z pozadí do popředí vyplňte výběr přechodem pod úhlem 135° zprava doleva. Přechod začněte a skončete na hranici obrázku.
- Výsledkem by mělo být vypouklé tlačítko (stisknuté tlačítko docílíte změnou směru přechodu v bodě 8).
Cvičení – západ slunce:
- Vytvořte nový obrázek o předpokládané velikosti pracovní plochy např. 1024x768 px s rozlišením 96 px.
- Vyplňte obrázek shora-dolů vhodným přechodem např. Incandescent nebo Golden.
- Aplikujte Filtr, Světlo a stín, Supernova s nastavením maximální poloměrem a minimálním počtem paprsků.
- V případě potřeby můžete ztmavit spodní okraj obrázku tmavě-hnědou barvou.
- Pomocí štětce vytvořte trávu, květiny, hvězdy, ptáky a mraky
- použijte vhodnou barvu
- v případě trávy je vhodné nastavit vhodný rozestup, aplikovat náhodnou velikost a chvění
Retušovací nástroje
- Klonování: selektivní kopírování z obrázku či vzorku pomocí štětce
- používá se většinou k retušování větších ploch (kaz, sloup atd.)
- většinou se používá nástroj štětec, protože stopa lépe splyne s prostředím
- zdrojem může být i vzorek
- sloučený vzorek umožňuje klonovat ze všech viditelných vrstev
- poustup:
- zvolte zarovnání
- nic – umožňuje klonovat jeden zdroj na více míst
- klik – klonuje zdroj
- tažení – zdroj a cíl jsou svázány (sledující + pevné)
- sledující – zdroj a cíl jsou stále svázány (dodržují stejnou vzdálenost)
- registrující – klonování z jedné vrstvy do druhé případně do jiného obrázku
- výchozí bod (zarovnání) je levý horní roh
- pevné – klonuje zdroj o velikosti stopy bez aktualizace pohybem myši
- v případě potřeby nastavte režim a krytí
- se stisknutou klávesou Ctrl zvolte myší zdroj klonování
- myší určete cíl
- Léčení: léčba nepravidelností obrázku
- nevytváří klon, ale prolíná sousední body (rozmazává, rozpíjí)
- vhodné pro režuše menších ploch (např. škrábance, chlupy, pihy v obličeji)
- postup:
- se stisknutou klávesou Ctrl zvolte myší zdroj klonování
- myší určete cíl (klepáním na stejné místo by měla vada zmizet)
- škrábanceje a drobné nepravidelnosti obrázku možné odstranit filtrem Vyčistit ze sekce Vylepšení
- Perspektivní klonování: klonování z obrázku po aplikaci perspektivní transformace
- vhodné pro neobdelníkové tvary např. na protažení objektů (dům, komín, věž, plot, přidání okna atd.)
- postup
- nastavit perspektivu – tvar cílové oblasti klonování
- přepnout nástroj do režimu perspektivního klonování
- se stisknutou klávesou Ctrl zvolte myší zdroj klonování
- myší určete cíl
- Rozostření/Zaostření: selektivní rozostřování či zaostřování štětcem
- selektivní změna ostrosti
- vhodné např. pro zaostření očí nebo rozostření vzdáleného odlesku bez ovlivnění ostrosti zbytku obrázku
- přeběh společně s krytím určuje míru účinnosti nástroje
- klávesa Ctrl přepíná mezi režimy
- rozšířené možnosti zaostření nabízí filtry vylepšení
- Rozmazání: selektivní rozmazání štětcem
- rozmazává barvu pod stopou nástroje ve směru jeho pohybu
- vhodné pro retuši škrábanců, rýh a pozůstatků po klonování
- přeběh společně s krytím určuje míru účinnosti nástroje
- Zesvětlení/Ztmavení: selektivní zesvětlování či ztmavování štětcem
- vhodné pro úpravu světlosti přechodu mezi objekty, zvýraznění stínu, přidání jasu atd.
- režimu určuje, zda se změny budou týkat světlých oblastí, středních tónů nebo tmavých oblastí
Příkaz Zobrazení, Nový pohled je užitečný zejména při retušování nebo při vytváření malých obrázků (ikon), kdy je třeba jemně doladit určité objekty a současně vidět jak se celá oprace projeví vzhledem k celku.