Vrstvy si je možné představit jako průhledné fólie obsahující vždy část obrázku tak, že ploženy na sebe dávají výsledledek.
Vrstvy umožňují oddělit jednotlivé části obrázku a pracovat s nimi samostatně (přesouvat, měnit velikost, upravovat obsah atd.).
Velikost souboru je možné zmenšit ořezáním vrstev na nejnutnější rozměry. 
Pracovní verzi souboru vždy ukládejte do nativního formátu aplikace tj. u aplikace Gimp do formátu XCF.
Vrstvy je možné spravovat v dialogovém okně Vrstvy:
- krytí ovlivňuje jak moc bude vrstva viditelná
- viditelnost vrstvy je možné zapnout (vypnout) kliknutím na symbol "oka":
- Shift + kliknutím na symbol oka vypne (zapne) viditelnost všech ostatních vrstev

- svázání vrstev a cest pomocí symbolu "řetěz" se vztahuje na přesun, rotaci a změnu velikosti
- zámek alfa kanálu umožňuje při úpravách ignorovat průhledné plochy
- používá se např. při změně barvy již nakreslené plochy
- schopnost pracovat s průhledností je možné vrstvě přidat příkazem Přidat alfa kanál, např. z kontextové nabídky
- při operacích mazání gumou nebo vyjmutí výběru se pak místo barvy pozadí nahradí odstraněná oblast průhledností

- alfa kanálu je také možné využít při výběru – příkazem Alfa do výběru, např. z kontextové nabídky, vyberete všechny body obsahující alespoň nějakou informaci o barvě (zcela průhledné body ve výběru nebudou)
- přesun vrstvy úplně nahoru nebo dolů je možné pomocí panelu nabídek Vrstva, Zásobník
Přesun vrstev mezi obrázky:
- pomocí schránky
- metoda táhni a pusť – přetažením vrstvy ze seznamu vrstev na:
- okno s jiným obrázkem
- panel s nástroji, čím se vytvoří nový obrázek
Pořadí vrstev je možné obrátit příkazem Vrstvy, Zásobník, Obrátit pořadí vrstev.
Vrstva, Layer Effects (efekty vrstvy) – doporučuji zatrhnout volbu Preview
:

- Bevel and Emboss (úkos a reliéf)
- Drop Shadow (vržený stín)
- Inner Glow (vnitřní záře)
- Pattern Overlay (překrytí vzorkem)
- Stroke (rámeček)
- atd.
Příkaz Obrázek, Duplikovat případně Soubor, Uložit kopii umožňuje:
- uložit obrázek pod jiným názvem nebo v jiném formátu
- porovnat výsledky postupných úprav obrázku